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Claudio Pizarro comenzó a brillar con fuerza en Alianza Lima, club en el que jugó desde el campeonato de 1998. Antes de acabar el año, ya le había hecho cinco goles al Unión Minas en un partido, además de diversos hat-tricks y dobletes. Esto llamó poderosamente la atención del club alemán Werder Bremen, que lo compró por 1.7 millones de dólares.
Es con Werder Bremen que Claudio Pizarro adquiere el sobrenombre de 'El Bombardero de los Andes', con 29 goles en dos temporadas. Fue una de las revelaciones y, en 2001, pasó al Bayern Munich.
Hasta el 2007, Claudio ganó varios títulos en la Bundesliga. Además, anotó en la Champions League, así como en otros torneos internacionales. Para el 2007, tras un breve paso por el Chelsea de Inglaterra, regresó al Werder Bremen, equipo con el que siguió marcando goles y ganándose el cariño de la hinchada..
Con la Selección Peruana, la carrera de Claudio Pizarro estuvo marcada por la controversia. Hizo 20 goles en 85 partidos, una cifra catalogada, por algunos, como insuficiente, teniendo en cuenta su categoría en clubes internacionales.
Por otro lado, en el año 2012, previo a un partido ante Colombia, el delantero dejó la concentración de la Selección Peruana para firmar un contrato con el Bayern Munich. Hubo quienes consideraron este hecho como falta de compromiso con la blanquirroja.
Más allá de algunos cuestionamientos, Claudio Pizarro está entre los jugadores más importantes de la historia del fútbol peruano. Anotó 197 goles en 490 partidos jugados en el fútbol alemán y es, actualmente, el segundo máximo goleador extranjero de la Bundesliga, solo detrás de Robert Lewandowski.
Además, es el goleador más veterano en anotar en el torneo alemán y en hacer un hat-trick en dicha plaza. Finalmente, es el peruano con más goles en Champions League (24) y en Europa League (23). Es, también, el representante nacional que más veces jugó estos torneos.