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Si bien estuvo en las infantiles de Deportivo Municipal, fue su llegada a Alianza Lima la que le cambió la vida a Jeffersón ya que en el club victoriano fue considerado Jugador Revelación del Año y Mejor Jugador del Campeonato además de salir Campeón Nacional.
A mediados del 2004, Jefferson llegó al PSV Eindhoven en el que destacó con sus 67 goles y logró obtener el tetracampeonato en la liga neerlandesa.
Farfán llega a Alemania en el 2008 de la mano del Schalke 04 y se convirtió en uno de los jugadores más queridos por los hinchas y uno de los más caros para ese momento.
Luego de su paso por Alemania, Jefferson se fue al Al-Jazira, equipo con el que logra campeonar en la Liga Árabe del Golfo y en la Copa Presidente EAU.
Después de un 2016 con altibajos, fichó por el Lokomotiv Moscú. Ahí se consagró como el tercer goleador de la liga ganando, además, el título de la Liga Premier de Rusia y alzando la Copa De Rusia.
En marzo del 2021, Alianza Lima anuncia el regreso de Jefferson Farfán al club íntimo luego de 17 años y consigue el campeonato nacional ese año y el bicampeonato en el 2022.
Jefferson Farfán se retira del fútbol como bicampeón con el club de sus amores.