La Fiscalía general de Honduras acusó a Zelaya de varios delitos y un tribunal aceptó juzgarlo por traición a la patria y corrupción.

Según cita el diario El Mercurio de Chile.com, la Corte Suprema alcanzó sus observaciones a la Presidente de Honduras, conducida por Roberto Micheletti, en torno al referido documento.
El documento indica que el Acuerdo San José plantea el retorno de Zelaya a la Presidencia de Honduras, pero destaca que "mientras no existan otras disposiciones legales aplicables, no puede eludirse que tendría que someterse a los procedimientos establecidos en la legislación procesal penal".
La Fiscalía general de Honduras acusó a Zelaya de varios delitos y un tribunal aceptó juzgarlo por traición a la patria y corrupción.
Asimismo, el estudio de la instancia judicial señala, en cuanto al retorno de los poderes del Estado a su integración previa al 28 de junio, que sólo puede darse en el "respeto a la legalidad y el control jurídico".
Destaca también en cuanto al control de las Fuerzas Armadas, que el acuerdo establece su traslado al Tribunal Supremo Electoral, que la legislación prevé su traspaso un mes antes de las elecciones generales, pero que a pesar de ello la Constitución Política hondureña establece que es el presidente quien debe seguir "ejerciendo el mando directo" sobre el cuerpo militar.