El Arzobispo de Lima, estudió en el Seminario Internacional de la Prelatura del Opus Dei, recibiendo la Ordenación Sacerdotal el 21 de agosto de 1977.
La Iglesia de Lima se une en un afectuoso saludo al Cardenal Juan Luis Cipriani Thorne, Arzobispo de Lima y Primado del Perú, por su 35 aniversario de Ordenación Sacerdotal.
El Cardenal Cipriani estudió en el Seminario Internacional de la Prelatura del Opus Dei, recibiendo la Ordenación Sacerdotal el 21 de agosto de 1977 en la Basílica de San Miguel en Madrid, España. Asimismo, se doctoró en filosofía y teología en la Universidad de Navarra, España.
Fue ordenado Obispo Auxiliar de Ayacucho en 1988; luego en 1991, Administrador Apostólico de Ayacucho tras la renuncia de Monseñor Federico Ritcher, OFM; y el 13 de mayo de 1995 tomó posesión como 33° Arzobispo de Ayacucho.
Luego, el 30 de enero de 1999, tomó posesión como 32° Arzobispo de Lima. SS. Juan Pablo II lo creó Cardenal en el consistorio del 21 de febrero de 2001, con el título de San Camilo de Lellis.
Como Arzobispo de Lima ha convocado a la Gran Misión Jubilar (2000); la Gran Misión Remar Mar Adentro (2003-2006), y la Gran Misión de Lima (2008-2010), esfuerzos pastorales destinados a emprender una nueva evangelización en la arquidiócesis, que ha dado frutos con la construcción de nuevas iglesias parroquiales, la difusión de los sacramentos de iniciación cristiana y una especial promoción a la Adoración Eucarística.
Bajo su impulso personal se realiza una constante labor de ayuda a los más necesitados, a través de diversas obras sociales en Manchay, y numerosos proyectos elaborados en Caritas Lima-Vicaría de la Caridad que atienden a la población en salud, educación, desarrollo humano y nutrición.
En el gobierno de la Iglesia Universal, integra las Congregaciones para el Culto Divino y la Disciplina de los Sacramentos, para las Causas de los Santos; la Pontificia Comisión para América Latina, el Consejo de Cardenales para el Estudio de Asuntos Organizativos y Económicos de la Santa Sede y es Consultor de la Congregación para el Clero.