Constantemente recluido, Salinger no quería que nadie contara su historia, despreciaba las biografías, a los editores, a los periodistas, a los fotógrafos, a todos.
Salinger era hijo de Jerome David Salinger, un comerciante judío de quesos kasher y de Marie Jillich, escocesa-irlandesa, quien se convirtió al judaísmo al casarse. Creció en un apartamento de Park Avenue, en Manhattan e hizo tres años de estudios en la Academia Militar de Valley Forge, en Pensilvania.
En 1939 asistió a un curso de narrativa corta en la Universidad de Columbia y escribió críticas de cine para la revista estudiantil. Comenzó su trayectoria literaria escribiendo relatos para revistas de Nueva York: Story, Saturday Evening Post, Esquire y The New Yorker, en la década de 1940; publicó además dos capítulos de lo que posteriormente sería El guardián entre el centeno antes de alistarse como voluntario para combatir en la Segunda Guerra Mundial: I"m Crazy y Slight Rebellion Off Madison.
Participó en el desembarco aliado en Normandía (1944) como soldado de infantería y durante sus primeros meses en Europa escribió algunos cuentos; testigo de los horrores del combate, estos hechos le dejaron una profunda huella emocional e incluso estrés postraumático, lo que se percibe en algunos de sus relatos, especialmente Un día perfecto para el pez banana, sobre un ex soldado suicida, y también Para Esmé, con amor y sordidez, narrado por un soldado traumatizado.
Ya con un talante polémico e independiente, el soldado Salinger consideraba a Ernest Hemingway, a quien conoció en París, y a John Steinbeck escritores de segunda clase, reservando su admiración para Herman Melville.
En 1945, Salinger se casó con una médico francesa de nombre Sylvia, de la cual se divorció; en 1955 se casó con Claire Douglas, unión que concluyó también en divorcio en 1967, cuando se acentuó la reclusión del escritor en su mundo privado y su interés por el budismo zen.
Salinger ha intentado por todos los medios escapar de la exposición al público y de la atención del mismo. Sin embargo, se vio obligado a luchar continuamente contra toda la atención no deseada que recibe, como figura de culto que llegó a ser en vida.
Cuando supo de la intención del escritor británico Iam Hamilton de publicar J. D. Salinger: A writing life, una biografía que incluía cartas que Salinger había escrito a amigos y a otros escritores, Salinger interpuso una demanda para detener la publicación del libro. El libro apareció finalmente con los contenidos de las cartas parafraseados. El juez determinó que aunque es posible que una persona sea el propietario de una carta físicamente, lo que está escrito en ella pertenece al autor. Uno de los resultados no intencionados de este juicio fue que muchos de los detalles de la vida privada de Salinger, incluyendo el hecho de haber escrito dos novelas y muchos relatos que no habían sido publicados, salieron a la luz pública a través de las transcripciones del juzgado.
La relación de un año que mantuvo en 1972 con la aspirante a escritora Joyce Maynard, de dieciocho años, fue también causa de controversia cuando ella subastó las cartas que Salinger le había escrito. Ha mantenido, igualmente, más de veinte relaciones con aspirantes femeninas a escritoras, siempre muy jóvenes.
En 2000, su hija, Margaret Salinger, publicó El guardián de los sueños. En su libro de "confesiones", la señorita Salinger afirma que su padre se bebía su propia orina, sufría glosolalia (una enfermedad que afecta al lenguaje, que consiste en la invención de palabras adjudicándoles un significado), rara vez tenía relaciones sexuales con su madre, la tenía como una "prisionera virtual" y se negaba a permitirle ver a sus parientes y amigos.
En 2002, se publicaron más de ochenta cartas a Salinger escritas por escritores, críticos y admiradores, bajo el título: Letters to J. D. Salinger (ed. Chris Kubica).
Salinger es el padre del actor Matt Salinger.
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