Gallegos Zanabria fue destituido en el año 1992 como Juez Titular del Juzgado de Primera Instancia en lo Civil de Puno y luego repuesto en el 2001.
El Consejo Nacional de la Magistratura (CNM), presidido por Guido Águila Grados, no ratificó al juez de la Sala Mixta Descentralizada Permanente de la Provincia de Huancané, Justino Jesús Gallegos Zanabria tras la evaluación integral y ratificación realizado por la institución.
El organismo encargado de nombrar, ratificar y destituir a los magistrados del Poder Judicial y el Ministerio Público, tomó dicha decisión durante el consejo de sesiones desarrolladas los días 3, 5, 6 y 7 de octubre, que concluyó con la votación de los miembros del CNM.
A esta convocatoria de evaluación integral y ratificación se sometieron 39 magistrados de los diferentes distritos judiciales del Perú. Es así que, por unanimidad, no fueron ratificados dos jueces y cuatro por mayoría, lista en la que figura el magistrado Gallegos Zanabria.
También se sometieron a este proceso 19 fiscales que representan al Ministerio Público en las diversas partes del país.
El 26 de diciembre del 2002, el citado juez interpuso una acción de amparo contra el CNM para que declaren inaplicable la resolución N° 500-2002 que dispone no ratificarlo en el cargo de Juez Titular del Juzgado de Primera Instancia en lo Civil de Puno.
Gallegos Zanabria fue destituido en 1992 por acuerdo de la Sala Plena de la Corte Suprema, pero en el año 2001 logró su reincorporación mediante sentencia judicial y tras un año, ocho meses y 15 días de repuesto volvían a descalificarlo. Su acción de amparo no prosperó.
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